Manos Hadzidakis urodził się w Xanthi w 1925 roku. Był synem prawnika Georgiosa Hadzidakisa i Aliki Arvanitidou. Swoją edukację muzyczną rozpoczął w wieku czterech lat, ucząc się gry na fortepianie, skrzypcach i akordeonie.
W 1932 r. przeniósł się z rodziną do Aten, ale nieco później jego rodzice rozwiedli się, a w 1938 r. jego ojciec zginął w katastrofie lotniczej. Śmierć ojca, która zbiegła się czasowo z rozpoczęciem II wojny światowej, miała wpływ na pogorszenie się sytuacji materialnej rodziny kompozytora. W tamtym czasie zarabiał on na utrzymanie jako doker w porcie, sprzedawca lodów czy asystent pielęgniarki w szpitalu. Nie zaniedbywał jednak swojej edukacji, studiując teorię muzyki i filozofię na uniwersytecie ateńskim, której jednak nigdy nie ukończył.
W 1945 roku spotykał się i dyskutował o przyszłości zdewastowanej Grecji z innymi intelektualistami, muzykami i pisarzami, m.in. z Nikosem Gatsosem, Georgiosem Seferisem, Odyseasem Elitisem i innymi. Był to okres, w którym udzielał się w greckim ruchu oporu jako członek EPON, gdzie poznał Mikisa Theodorakisa, z którym wkrótce się zaprzyjaźnił.
W 1948 roku Hadzidakis wygłosił wykład o pieśni rebetiko, który wstrząsnął muzycznym światem i wywołał burzę reakcji w konserwatywnym społeczeństwie greckim. Rebetiko pochodziło z Azji Mniejszej, była to muzyka ulicy, sięgająca do głębokich tradycyjnych korzeni, prawdziwości emocji, poruszająca tematy życia i problemów najuboższych warstw społecznych. Stała się ona inspiracją dla wielu twórców.
Na początku lat pięćdziesiątych kompozytor rozpoczął współpracę z Teatrem Narodowym i Teatrem Artystycznym (Przeklęte małżeństwo, Wszystkie dzieci Boże mają skrzydła itp.). Następnie współpracował z Greckim Dramatem Tańca Rallosa Manou, gdzie wystawił 4 swoje balety.
W 1960 roku zdobył Oscara za muzykę do filmu Nigdy w niedzielę, a piosenka Dzieci Pireusu stała się znana na całym świecie.
W 1967 roku udał się na Broadway w Nowym Jorku, aby wystawić musical Ilya Darling, przerobiony z filmu Nigdy w niedzielę. Zdecydował się nie wracać do Grecji i wraz ze swoją matką wynajął małe mieszkanie na Manhattanie. Podczas sześcioletniego pobytu w Ameryce zetknął się z amerykańska sceną muzyki popowej i rockowej, co zaowocowało nagraniem cyklu piosenek Reflection we współpracy z zespołem New York Rock and Roll Ensemble.
Następnie podróżował m.in. do Londynu, Paryża, Teheranu. W 1972 roku powrócił ostatecznie do Grecji, gdzie pozostał do końca życia. Okres ten uważany jest za najbardziej dojrzały w jego karierze muzycznej. Jego początek wyznacza nagranie cyklu pieśni Wielka miłość w wytwórni Columbia.
W 1975 roku Hadzidakis objął stanowisko zastępcy dyrektora generalnego Opery Narodowej i dyrektora Programu Trzeciego państwowego radia. Jego kadencja jako dyrektora w greckim radiu, stała się wyznacznikiem wysokiej jakości i różnorodności programów, a także wydarzeń kulturalnych organizowanych w Atenach i innych miastach.
W latach 1978-1982 Hadzidakis zorganizował festiwal muzyczny w Anogii. W 1980 r. zainaugurował Muzyczny Sierpień w Heraklionie. Był to festiwal artystyczny, którego głównym celem było zaprezentowanie nowych nurtów, zarówno muzycznych, jak i tanecznych, a także trendów kinematograficznych. Organizował także Konkurs Piosenki Greckiej na Korfu w 1981 i 1982 roku. Był to konkurs muzyczny, którego celem była prezentacja młodych greckich artystów.
W 1985 roku został dyrektorem magazynu „Tetarto”, który rejestrował wydarzenia artystyczne i społeczne, jednak wydawnictwo to było przede wszystkim, jak sam powiedział, „magazynem głęboko politycznym, ponieważ jestem głęboko upolityczniony”. W 1985 roku założył wytwórnię Sirios
W 1989 roku Hadzidakis został założycielem Orkiestry kolorów. W czterech turach koncertów organizowanych od listopada 1989 do czerwca 1993 roku zaprezentował, oprócz dzieł klasycznych, wielu mniej znanych kompozytorów XX wieku, takich jak: Copland, Menotti, Poulenc, Milhaud, Ohana, Hindemith, Nielsen, Ives, Britten, Thomson, Szymanowski, Weill, Piazzolle, Rote itp., a także kompozytorów greckich: Petridisa, Varvoglisa, Pallantiosa, Xenakisa, Sisilianosa, Mamagakisa, Antoniou, Kourouposa, nie pomijając młodszych twórców, Anisegosa i Kritsotakisa. Szczególne miejsce w jego programach zajmowały utwory Manolisa Kalomirisa, Nikosa Skalkotasa, Giannisa Christou i Mikisa Theodorakisa.
Manos Hadzidakis zmarł 15 czerwca 1994. Wiele jego dzieł teatralnych, baletowych, filmowych pozostało w archiwum i nadal czeka na wydanie.